Ancak, Kayseri 2'nci Ağır Ceza Mahkemesi, AİHM’in ihlal iddialarını dikkate almayarak önceki kararında herhangi bir değişiklik yapmadan aynı hükmü verdi.
Olay, 2016 yılı Eylül ayında, FETÖ/PDY’ye yönelik yürütülen soruşturma kapsamında Yüksel Yalçınkaya’nın gözaltına alınmasıyla başladı. Kayseri Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yapılan soruşturma sonucunda, Yalçınkaya'nın ByLock kullanıcısı olduğu, Bank Asya’da hesabının bulunduğu ve örgütle bağlantılı olduğu tespit edildi. Ayrıca, Aktif Eğitim-Sen ve Kayseri Gönüllü Eğitimciler Derneği’ne üye olduğu belirlendi. Yalçınkaya, 9 Eylül 2016’da tutuklandı ve 1 Eylül 2016 tarihli Kanun Hükmünde Kararname ile meslekten ihraç edildi.
Yalçınkaya hakkında, 'silahlı terör örgütüne üye olma' suçundan 6 Ocak 2017 tarihinde dava açıldı ve 21 Mart 2017’de 6 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırıldı. İstinaf ve Yargıtay aşamalarında bu karar onandı. Yalçınkaya’nın Anayasa Mahkemesi’ne yaptığı başvuru ise reddedildi.
Yalçınkaya, daha sonra Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi’ne (AİHM) bireysel başvuruda bulundu. AİHM, Yalçınkaya'nın başvurusunda Türkiye'nin insan hakları ihlalinde bulunduğuna karar verdi. AİHM, 7’nci maddede kanunsuz suç ve ceza olmaz ilkesinin ihlal edildiğini, 6’ncı maddede adil yargılanma hakkının ihlal edildiğini ve 11’inci maddede örgütlenme özgürlüğü ile dernek üyeliği hakkının ihlal edildiğine karar verdi. Ayrıca, Yalçınkaya'nın yargılama masrafları için 15 bin avro tazminat ödenmesine hükmetti.
Ancak, Kayseri 2’nci Ağır Ceza Mahkemesi, AİHM’in belirttiği ihlal iddialarını dikkate almadı ve daha önceki kararında herhangi bir hukuka aykırılık görmeyerek aynı hükmü verdi. Mahkeme heyeti, yerel mahkemenin verdiği kararın hukuka uygun olduğunu savundu. Karar sonrası, duruşma salonunda bazı izleyiciler, mahkemenin kararına tepki gösterdi.